La identificación de variedades de vid resulta con frecuencia difícil, tanto por el elevado número de variedades cultivadas como por los distintos nombres con que se conoce a una misma variedad en diferentes regiones o países.
Durante mucho tiempo se ha tratado de identificar las variedades mediante caracteres morfológicos, es decir por ampelografía, lo cual con frecuencia no resulta posible o suficientemente preciso. Desde hace unos diez o doce años se han comenzado a utilizar los marcadores moleculares y más concretamente los marcadores microsatélites como un instrumento de gran eficacia para identificación de variedades de vid.
En el Departamento de Biología se inició en el año 2001, en combinación con el IMIDRA (Instituto Madrileño de Investigación y Desarrollo Rural, Agrario y Alimentario) un proyecto para identificación del Banco de Germoplasma de Vid existente en El Encín (Alcalá de Henares), donde existe una amplísima colección de variedades de vid, que incluye más de 1.500 accesiones de Vitis vinifera, la mayor parte de ellas procedentes de las distintas regiones vitícolas españolas. Posteriormente se ha ido ampliando el proyecto con otras variedades de vid localizadas en distintas regiones vitícolas, predominantemente de la mitad norte de España y del norte de Portugal.
Los SSR (Short Sequence Repeats), denominados microsatélites en castellano, son secuencias de ADN en las que un fragmento (cuyo tamaño va desde uno hasta seis nucleótidos) se repite de manera consecutiva. La variación en el número de repeticiones crea diferentes alelos los cuales se distinguen entre sí por la longitud total del fragmento.
La identificación mediante microsatélites se lleva a cabo, de modo resumido, del siguiente modo:
1) Se muestrean hojas tiernas o sarmientos de vid de las plantas a estudiar.
2) Se extrae el ADN mediante métodos estandardizados.
3) Se analizan en el ADN seis marcadores microsatélites.
4) Se comparan los resultados con las bases de datos disponibles.
5) Si existe coincidencia con alguna variedad existente en base de datos, se confirma la identificación mediante observaciones ampelográficas.

Con frecuencia una misma variedad recibe diferentes nombres según la localidad donde se encuentra (sinonimias), y en otras ocasiones se utiliza una misma denominación para variedades distintas (homonimias). La identificación varietal lleva a detectar ambas situaciones y resolver por lo tanto numerosos errores o ambigüedades en la denominación de variedades de vid.

En los casos en que se han encontrado variedades que una vez analizadas no han podido identificarse con ninguna de las existentes en bases de datos, y que además carecían de nombre conocido, han quedado como variedades desconocidas, a la espera de que puedan ser identificadas en el futuro.
Mediante esta metodología se han identificado numerosas variedades autóctonas en marcado peligro de extinción en distintas regiones vitícolas españolas. Algunas de ellas se han comenzado a utilizar en los últimos años para la producción de vinos monovarietales o para establecer nuevas plantaciones con material autóctono que se encontraba en marcado riesgo de extinción. Baste citar el caso de Parraleta en el Somontano, o las variedades Juan García, o Mandón en Arribes del Duero. En otros casos se han identificado variedades citadas a comienzos del siglo XX y que se encontraban prácticamente extinguidas, como es la variedad Pan y Carne en la zona del Bierzo, o el Verdejo Serrano de Salamanca.
El peligro de extinción de variedades autóctonas tradicionales de vid ha venido acentuado por el establecimiento de Denominaciones de Origen, en las que se ha autorizado un número reducido de variedades, quedando muchas otras relegadas, que han ido sustituyéndose por las autorizadas.
Existen varias bases de datos de marcadores microsatélites de vid, habiéndose acordado en un proyecto europeo la utilización de al menos seis de ellos, actualmente recogidos por la OIV (Oficina Internacional de la Vid y el Vino), de modo que se puedan comparar los resultados con las bases existentes.
La base de datos elaborada por el Departamento de Biología Vegetal de la Escuela de Agrónomos se puede consultar en la siguiente dirección:

En la actualidad se encuentran relacionadas 574 variedades de vid, con numerosas sinonimias, y gradualmente está prevista la inclusión de nuevas variedades en la medidad de que se disponga de información.
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