Novedades en el empleo de información genómica en el Programa de Cría de la raza Assaf

El programa de mejora genética de la raza Assaf tiene como objetivo el incremento de la producción de leche por lactación y la mejora de la calidad de la misma, utilizando como criterios de selección principales, la cantidad de leche (L150), grasa (G150) y proteína (P150) producida en 150 días de lactación. Desde el año 2015, también se recoge información de otros caracteres de interés económico, como la resistencia a mamitis (RMT), evaluada a través del recuento de células somáticas, y los caracteres relacionados con la morfología mamaria de la ubre. Los valores genéticos de estos caracteres se integran en varios índices de mérito genético que se utilizan para llevar a cabo la selección genética de los animales: ICO de producción (ICOp), ICO de morfología (ICOm) e ICO global (ICOg) que resumen, en un único valor, el valor genético de cada uno de los caracteres evaluados ponderado según su importancia.

Tal y como se ha descrito en otros artículos dedicados a la raza Assaf (Jiménez et al., 2019; Jiménez et al., 2022), desde el año 2017 se vienen desarrollando protocolos para aplicar la selección genómica como herramienta de mejora genética. Para ello, en una etapa inicial, se genotiparon con un chip de 50.000 marcadores de tipo SNP una selección de animales valorados genéticamente con gran precisión (fiabilidades superiores al 70% y 50%, respectivamente para sementales y ovejas) y representativos de los distintos niveles genéticos de la población, que constituyeron la población de referencia inicial. Posteriormente y hasta el momento actual, se han ido genotipando, principalmente, animales jóvenes (futuros reproductores) seleccionados por su índice de pedigrí, y se ha estimado un valor genómico inicial de los mismos gracias a su propia información genómica y las relaciones de parentesco con la población de referencia, ya que se trata de animales que no cuentan con dato propio productivo o de sus hijas aún.

La valoración genética de los animales de la población se realiza tres veces al año, se utiliza la metodología ‘Single Step Genomics BLUP’ (ssGBLUP), y se predicen, para cada uno de los caracteres evaluados, el valor genómico y la fiabilidad, tanto de machos de inseminación artificial (IA) como de monta natural (MN), de las ovejas controladas en las explotaciones y de los animales jóvenes (sin información propia) genotipados con el chip de SNPs. En aquellos casos en los que el animal ha sido genotipado pero el resultado de su análisis no ha coincidido con un periodo oficial de valoración, se calcula el Valor Genómico Directo (VGD), predicción basada en la suma de los SNPs de su genotipado (Masuda, 2019; Misztal et al., 2022). Al igual que en la valoración general, se obtiene un valor genómico (VGD) y se calculan índices de mérito genético (ICOs), obteniendo un valor genético preliminar en un breve periodo de tiempo (Jiménez et al., 2024). Posteriormente y coincidiendo con un periodo de valoración general, estos individuos son incluidos en el ssGBLUP y valorados con el conjunto de la población.

Rebaño de la raza Assaf.

La última valoración genética de la raza se ha realizado en julio de 2025. Se han valorado unos 511.000 animales (18% vivos), con la información de 1.337.000 lactaciones válidas (7.800.000 controles con registro de células somáticas), fechas de parto comprendidas entre 2005 y 2025, y una producción media de L150 de 373 kg (con una tendencia positiva a lo largo de los años de parto y valores que superan los 400 kg desde el año 2020). Las producciones medias G150 y P150 también experimentan una evolución positiva con los años y una media de 25 kg y 20 kg, respectivamente, en el año 2024. En la valoración de los caracteres de morfología mamaria, se han empleado 450.455 registros válidos (datos acumulados desde el año 2015), correspondientes a 234.000 ovejas. Los valores fenotípicos medios de cada uno de los caracteres se sitúan en torno a 5 para inserción y profundidad de la ubre, cercano a 4 para verticalidad, 3 para tamaño de los pezones y 6 para la conformación general, con una evolución por año de nacimiento de las ovejas acorde a los óptimos establecidos para cada una de las medidas (tendencia en inserción y conformación general hacia valores fenotípicos máximos y profundidad de la ubre hacia valores intermedios o bajos).

Figura 1. Evolución de animales genotipados disponibles en la Valoración Genómica.

Del conjunto de animales inscritos en el Libro Genealógico de la raza, 199.093 animales valorados son madres y 27.165 sementales: 19.436 padres (1.023 de IA) valorados con la información de más de 343.000 hijas con dato de producción de leche y 7.729 futuros reproductores genotipados. La evolución del número de animales genotipados y disponibles en cada valoración genómica ha aumentado en unos 2.500 animales de media desde el año 2020 (Figura 1), observándose un incremento notable en julio de 2025, con cerca de 30.000 animales disponibles. Este incremento se debe fundamentalmente al aumento del número de ovejas jóvenes genotipadas (más de 8.000) frente a valoraciones anteriores. Del total de animales genotipados disponibles, 22.951 (38% vivos) se han valorado con el ssGBLUP, habiéndose calculado el VGD para el resto de individuos. Esto es debido a las depuraciones que se realizan en los datos de los futuros reproductores, ya que animales sin genealogía conocida, aunque genotipados, no aportan información a la valoración genómica y se eliminan de este proceso.

Tal y como se ha comentado y siguiendo la tendencia observada en los últimos años, existe una evolución positiva tanto de la producción de leche como de la calidad de la misma, y una tendencia genética positiva (10 Kg/año entre los años de nacimiento 2010 y 2023 de las ovejas productoras). Los valores medios del ICOp e ICOm también evolucionan de forma favorable tanto en los machos (Figura 2) como en las hembras valoradas. Actualmente, la mejora de los caracteres de producción de leche y los relacionados con la morfología de la ubre se está llevando a cabo en función del índice combinado o ICO, en el que la producción de grasa y proteína, y rasgos como la inserción, la profundidad de la ubre, y la verticalidad de los pezones tienen un mayor peso.

Figura 2. Evolución por año de nacimiento del ICO de producción (ICOp), del ICO mamario (ICOm) y la fiabilidad media (%) de los sementales de Inseminación Artificial valorados genéticamente.

El empleo de la información genómica en el Programa de Cría de la raza Assaf se ha modificado durante el último año y se han incorporado algunas novedades, tales como, el uso del chip de SNPs para el control de filiaciones y el cambio de chip utilizado para el genotipado de los animales. En ambos casos, se trata de mejorar la precisión con la que se están realizando diversos procesos de la valoración genómica y aumentar la capacidad de genotipado de los socios de la Asociación.

La filiación de los animales inscritos en el Libro Genealógico de la raza se ha venido certificando a través de una serie de marcadores genéticos denominados microsatélites, usando un panel de 19 marcadores establecido por la ISAG. Sin embargo, en el último año se ha combinado esta metodología de control de paternidad con el uso del chip de SNPs en aquellos casos en los que tanto los progenitores como la descendencia están genotipados. Para ello se utilizan programas del software BLUPf90 desarrollado por Misztal et al. (2009), considerando que el padre y la madre propuestos son los progenitores de un individuo si los SNPs del trío no difieren en más de un 2%. En el momento actual y dado que la población de Assaf, aunque en aumento, no está completamente genotipada, ambas metodologías se desarrollan de forma simultánea, especialmente cuando uno de los progenitores o el individuo a testar su filiación no está genotipado con el chip de SNPs y sí por microsatélites. En este caso la metodología de trabajo (software desarrollado por la Universidad de León) combina la imputación a microsatélites de los individuos genotipados por SNPs (microsatélites imputados), y la comparación con los microsatélites reales de los animales que constituyen el trio a certificar (filiación certificada con el software CERVUS 3.1.). Para la asignación de paternidades se utiliza la información facilitada por el ganadero (padres propuestos y madres propuestas) complementada con la información aportada por los veterinarios de la Asociación.

En un futuro próximo y dado el ritmo actual de genotipado de los animales de la población de Assaf (cada vez son más los ganaderos de la Asociación que genotipan la reposición a edades tempranas), la mayor parte de los reproductores estarán genotipados pudiendo, en este caso, certificar la filiación de su descendencia con la información de los SPNs. Ventajas del empleo de marcadores de tipo SNP en el control de filiaciones radican en la rapidez del proceso, y en la corrección de errores asociados a los microsatélites, que cuentan con un menor número de puntos del genoma al comparar los animales a testar, haciendo que la asignación de las paternidades sea menos precisa. Por otro lado, el genotipado de los animales con el chip de SNPs facilita el trabajo de las explotaciones y la obtención de datos del animal genotipado, ya que con una única muestra biológica se puede asignar la filiación, obtener el genotipado de scrapie y estimar el valor genómico del individuo.

En general, uno de los grandes problemas relacionados con la aplicación de la selección genómica ha sido de índole económica ya que, aunque el precio de las plataformas de genotipado ha ido bajando, ha supuesto un gasto extra en las cuentas de las explotaciones. Sin embargo, el interés por el empleo de la información genómica en los esquemas de selección de ovino en España ha aumentado, incrementando tanto la oferta de plataformas como la demanda de análisis de genotipado, y abaratando en gran medida los costes con relación a tiempos iniciales. Por este motivo, la Asociación de ganaderos de raza Assaf ha implementado un cambio en el chip de SNPs empleado hasta el año 2024, aumentando, de forma considerable, el número total de animales genotipados al año y el de socios interesados en genotipar en sus ganaderías. Sin embargo, este cambio de plataforma de genotipado también ha supuesto la necesidad de realizar análisis previos a su utilización en el proceso general de valoración genómica, ya que, aunque similar en su tamaño, entre los dos chips existen diferencias en algunos SNPs, no siendo exactamente iguales. Dado que el grueso de la población genotipada hasta el año 2024 y la nueva por genotipar desde el año 2025 tienen elementos distintos según el chip empleado en cada caso, ha sido necesario buscar las regiones del chip comunes en ambos casos (SNPs con la misma posición en el cromosoma y los mismos alelos) para combinar la información de las dos plataformas en igualdad de condiciones y no perder la información genómica acumulada hasta ahora.

Para ello y en un primer paso, se han realizado una serie de pruebas en las que se han comparado los resultados obtenidos para el mismo grupo de animales usando el chip antiguo completo (42.009 SNPs) y los SNPs comunes entre el chip antiguo y el nuevo (34.632 SNPs) según datos de la valoración de marzo de 2025. Tanto para el conjunto de la población valorada como para el grupo de animales genotipados y valorados (19.587) la correlación entre los valores genómicos de los caracteres de producción de leche y de ICOp son del 98-99%, con medias genéticas similares. Además, la ordenación o ranking de estos animales se mantiene más o menos estable. Estos resultados están acordes con los obtenidos en la valoración de julio de 2025, en la que se ha utilizado los SNPs comunes a los dos chips, con correlaciones superiores al 95% en las distintas categorías de animales genotipados. Por último, se han calculado correlaciones empleando datos de 200 animales con valores genéticos de producción calculados a través de su VGD en marzo de 2025 y valorados con el conjunto de la población (ssGBLUP) en julio de 2025, utilizando toda la información disponible y no solo su dato de genotipado. La correlación entre los ICOp ha sido del 87% y del 89% para el ICOm, valores similares a los obtenidos en valoraciones anteriores. Estos resultados ponen de manifiesto que la reducción del número de SNPs empleados en la valoración genómica no afecta de forma significativa a los resultados, siendo el procedimiento de trabajo a desarrollar en valoraciones futuras hasta, al menos igualar o superar, el grueso de animales del chip antiguo (unos 21.000 animales).

Ejemplares de Assaf.

La trayectoria desarrollada en la aplicación de la selección genómica del programa de cría de la raza Assaf no ha estado exenta de dificultades desde el principio, habiéndose superado escollos importantes. Sin embargo y con el objetivo de seguir incrementado las ventajas de la genómica, la Asociación de ganaderos se plantea nuevos retos, tales como, la mejora de la precisión con la que actualmente se están estimando los VGD, la incorporación de nuevos caracteres objeto de selección económicamente rentables (longevidad, resistencia a enfermedades o eficacia alimenticia) y la consolidación de la mejora de los caracteres de conformación de la ubre, ampliando el número de análisis entre los animales de la población.

Referencias

• CERVUS 3.1. http://www.fieldgenetics.com/pages/aboutCervus_New.jsp
• Jiménez, M.A., Serrano M., Freire F., 2019. Programa de Mejora Genética de la raza ovina Assaf Española: Resultados año 2019. Tierras (Ovino), Nº28: 52-55.
• Jiménez, M.A., Jiménez R., Pérez E, Freire F., 2022. Valoración Genética-Genómica de la raza Assaf. Tierras (Ovino) 37: 40-43.
• Jiménez, M.A., Equipo Técnico ASSAFE.E, 2024. Estimación del valor genómico directo de animales jóvenes en la raza Assaf. Tierras (Ovino-Caprino) 44: 44-49.
• Programa de Cría de la raza ovina Assaf. www.mapa.gob.es/dam/mapa/contenido/ganaderia/temas/zootecnia/arca/razas/catalogo/raza-de-terceros-paises/ovino/assaf/documentacion/report_resolucionprogramadecriaassaf.pdf
• Masuda Y., 2019. Introduction to BLUPF90 suite programs. Standard Edition. Univerity of Georgia.
• Misztal, I. et al. 2009. J. Dairy Sci. 92: 4648-55.
• Misztal, I. et al. 2022. Manual for BLUPF90 family programs. University of Georgia, Athens, USA.