Estudio comparativo

Con la implantación de la valoración genómica desde el año 2020, la selección de la reposición en los rebaños y en los centros de Inseminación Artificial se ha visto acelerada gracias a la mayor precisión obtenida frente a la estima del índice de pedigrí, la posibilidad de elegir entre hermanos completos y la capacidad de testar a los sementales con un menor número de descendientes. Sin embargo, esta metodología no está aún exenta de dificultades e incógnitas asociadas a toda tecnología nueva. En un futuro se espera poder hacer nuevos análisis técnicos y económicos que permitan corroborar, con más datos, los beneficios de la selección genómica.

Con el objetivo de implantar la selección genómica como herramienta de mejora genética en la raza Assaf, durante los años 2017 y 2018 se llevó a cabo el genotipado de una selección de animales valorados genéticamente con gran precisión y representativos de los distintos niveles genéticos de la población (sementales y ovejas valoradas con alta fiabilidad gracias a la información disponible de su descendencia y/o información productiva propia). Constituyeron la llamada población de referencia. Posteriormente, se genotiparon animales candidatos a futuros reproductores (machos y hembras jóvenes, sin información productiva propia y seleccionados por su índice de pedigrí) de los que se esperaba obtener un valor genético inicial utilizando la información de su genotipado y el parentesco con los animales de la población de referencia.

La genómica abre nuevas posibilidades a la selección genética tradicional.

Ambos grupos, población de referencia y candidatos a futuros reproductores, integraron la población genotipada que en la actualidad se sitúa en torno a los 11.300 animales, según datos de la valoración genómica realizada en octubre de 2021. En el año 2019 se realizó, por primera vez, la valoración genómica tanto de los caracteres de producción láctea como de los caracteres de morfología de la ubre. Desde el año 2020, estos valores genómicos están siendo utilizados para llevar a cabo la selección genética tanto en el centro de Inseminación Artificial como en las explotaciones.

La valoración genética clásica (BLUP) estima el valor genético de un animal a través de sus registros de producciones y su genealogía. Esta estima mide la calidad general de los genes que intervienen en la producción, pero se desconoce su identificación real. La valoración genómica (SSG) también predice el valor genético de un animal, pero incluye una nueva fuente de información, el genotipo del animal (conjunto de genes distribuidos a lo largo del genoma). A diferencia de la valoración genética clásica, tiene un conocimiento algo más profundo de los genes que intervienen en la producción de los animales, a través de la localización de marcadores genéticos asociados a los mismos (SNPs).

La valoración genómica en la raza Assaf se realiza combinando los datos productivos de los animales, las relaciones de parentesco (filiaciones contrastadas con microsatélites) y la información de su genoma. Esta última se obtiene a través del genotipado de los animales con un chip de 50.000 marcadores de tipo SNP. La metodología empleada es la denominada ‘Single Step Genomics BLUP’ (SSGBLUP), que es una variante del BLUP clásico en la que se incluyen las relaciones genómicas calculadas con la información molecular (chip de SNPs) de los animales genotipados. Esta metodología permite, de forma simultánea, la valoración genética tanto de los animales genotipados como la de los no genotipados.

Recientemente, en el marco del curso de formación de la asociación ASSAF.E, se ha presentado una comparativa de la valoración genética clásica (BLUP) y la valoración genómica (SSG) con el objeto de dar a conocer, tanto la situación actual de aplicación de la selección genómica en el programa de mejora de la raza Assaf, como las ventajas de su uso frente a la metodología clásica. Para ello se han utilizado los datos empleados en la valoración genómica realizada en octubre de 2021 para los caracteres de producción de leche, grasa y proteína tipificada a 150 días.

Se han utilizado datos de control lechero y genealógicos registrados en la base de datos de la Asociación hasta junio de 2021. Se han considerado 999.594 lactaciones válidas correspondientes a 348.212 ovejas distintas, con una producción media de leche a 150 días de 358 kg. El número total de animales genotipados se sitúa en los 11.270, y se distinguen dos grupos claramente diferenciados: sementales (2.506) y ovejas productoras (3.265) que disponen de mucha información (población de referencia) y futuros machos (4.620) y hembras (879) reproductoras, sin hijas y/o datos de producción (la única información disponible de estos animales es el genotipado de los mismos y sus relaciones de parentesco).

Del análisis de resultados de esta valoración se observa una evolución positiva de la producción de leche tipificada a 150 días, con valores medios por encima de los 380 kg desde el año 2018. También se aprecia una tendencia genética positiva ya que las corderas que nacen y se van incorporando progresivamente a la población son de mejor calidad genética. Esta evolución positiva es una constante del programa de mejora de la raza Assaf, que mejora de forma continua desde hace años.

En la Tabla 1 se recogen los valores genéticos medios estimados para los caracteres de producción de leche y las fiabilidades obtenidas en cada una de las metodologías empleadas (BLUP y SSG) para diversas categorías de animales. Estos valores se han calculado usando los datos de los socios en activo en la Asociación.

Los resultados indican, en términos generales, que la metodología SSG aumenta la fiabilidad de la estimación de los valores genéticos, especialmente en los animales genotipados (del 42% al 56%). Sin embargo, las fiabilidades resultan similares tanto para el conjunto de animales valorados como en los distintos grupos de individuos no genotipados (tan solo el 3,6% de los animales valorados además están genotipados).

Los animales que forman parte de la población de referencia (sementales SNP y ovejas productoras SNP) presentan una fiabilidad media más alta en la valoración genómica (70% y 61%), aunque en estos casos, este aumento no es demasiado importante ya que se trata de animales valorados anteriormente con precisión en la valoración genética clásica (62% y 50%).

Tabla 1. Valores genéticos medios para los caracteres de leche (L150), grasa (G150) y proteína (P150) tipificados a 150 días y fiabilidades (FIB) estimadas usando la metodología BLUP (valoración clásica) y SSG (valoración genómica).

En el caso de los futuros reproductores (Futuros sementales SNP y reproductoras SNP) también se observa un incremento de la fiabilidad en la valoración SSG (48% de media) frente a la valoración BLUP (30% y 27% respectivamente para los machos y las hembras) en la que los individuos se valoran a través de la información de sus padres. Por tanto, la inclusión de la información genómica de estos animales contribuye al incremento de la precisión con la que se estiman sus valores genéticos, especialmente importante ya que son individuos que no cuentan con información productiva propia o de sus hijas.

Los valores genéticos medios estimados de los animales genotipados son más elevados en la metodología SSG y muy similares a los predichos con el BLUP en los individuos no genotipados. El aumento de la precisión con la que se estiman los valores genéticos en la valoración SSG hace que el rango de dispersión de los mismos sea mayor, ya que se alejan de la media sobre la que se centra el BLUP. Esta es la razón por la que las correlaciones entre los valores genéticos BLUP y SSG de los animales genotipados son menores (70-90%) con relación a las de los animales no genotipados (98-99%).

Otra de las ventajas de la metodología SSG deriva de la posibilidad de distinguir entre hermanos completos o lotes de animales de un mismo padre en la selección de la reposición. Tal y como se observa en la Tabla 2, la selección con el BLUP clásico se basa en la información de sus padres obteniéndose un mismo valor en los hermanos completos (BLUP HIJO). La valoración SSG estima valores y fiabilidades distintas en función del alelo del marcador SNP de su genotipado (SSG1 +66 y SSG2 +44), haciendo más efectiva y precisa la selección inicial de la reposición.

Tabla 2. Ejemplo de dos machos que son hermanos completos (FIB: Fiabilidad de la valoración).

Finalmente, la valoración SSG permite predecir el valor genómico de futuros candidatos a reproductores con una precisión mayor comparado con la fiabilidad que aporta el índice de pedigrí (valoración BLUP), importante en el caso de la reposición de los machos. Esto hace posible que el futuro semental alcance el estatus de animal valorado y probado genéticamente (valor genético predicho con una fiabilidad igual o mayor al 60-65%) gracias a la información de un menor número de hijas. Aunque no se elimina el testaje, ya que es necesario probar a los machos con la información productiva de sus hijas, si disminuye el tiempo empleado en el mismo (se reduce el intervalo generacional).

Así, se observa que machos de Inseminación Artificial genotipados que en marzo de 2020 no tienen hijas y están valorados con una fiabilidad media del 50% con SSG, alcanzan fiabilidades en torno al 60% y 65% en la valoración de octubre de 2021 con un número de hijas en producción comprendido entre 5 y 10 (la precisión es mayor cuanto mayor es el número de hijas y el número de rebaños en los que se distribuyen estas hijas). En las mismas circunstancias (octubre de 2021), la fiabilidad BLUP media de estos animales es del 50%. Estas cifras ponen de manifiesto el hecho de que la valoración SSG permite que el testaje de los machos sea más rápido en el tiempo con lo que ello supone en términos de progreso genético.