TRANSFERENCIA 28 El ADN de las 72 muestras fecales se extrajo mediante el kit QIAamp Powerfecal (QIAGEN, Hilda, Alemania), y se secuenció mediante el protocolo de Illumina MiSeq (Illumina, San Diego, EE. UU.) en las instalaciones de la Fundació per al Fomento de la Investigació Sanitària i Biomèdica (FISABIO, Valencia, España) centrada en el amplicón V3-V4 del gen 16SrRNA. El análisis bioinformático fue realizado mediante el programa Quantitative Insights Into Microbial Ecology 2 (QIIME2) 2019.10.0. (Bolyen et al., 2019). Se usó DADA2 (Callahan et al., 2016) para limpiar las muestras, y su taxonomía fue estudiada con SILVA (Quast et al., 2013) tras ser alineadas y añadirse su filogenia. Las diversidades alfa y beta fueron analizadas con el paquete phyloseq de R (McMurdie & Holmes, 2013), mientras que el análisis de abundancia diferencial se realizó mediante el paquete metagenomeseq (Paulson, Stine, Bravo, & Pop, 2013). El análisis de la microbiota mostró que los phyla más abundantes en ambos grupos fueron Firmicutes y Bacteriodetes, mientras que a nivel de género, cabe destacar Treponema 2, Rikenellaceae RC9 y Lactobacillus, en consonancia con estudios anteriores de la microbiota del porcino Ibérico (Crespo-Piazuelo et al., 2019; LópezGarcía et al., 2021). A la hora de estudiar la microbiota, es importante tener en cuenta la diversidad, que se divide a su vez en diversidad alfa y en diversidad beta. La diversidad alfa se refiere a la cantidad de especies diferentes que podemos encontrar dentro de una muestra. Niveles altos de diversidad alfa se relacionan con mejores estados de salud (Gong et al., 2016). Para su estudio, se deben tener en cuenta dos aspectos: la riqueza, es decir, el número de especies diferentes que tiene la muestra, y la homogeneidad, la distribución de las abundancias en los distintos grupos (Willis, 2019). En esta investigación, la riqueza se ha estudiado mediante la diversidad observada, mientras que para ver la riqueza corregida por la homogeneidad, se ha utilizado el índice de Shannon (figura 1). La suplementación materna con hidroxitirosol y aceite de linaza no tuvo efectos sobre la diversidad alfa a ninguna edad. De hecho, únicamente se encontraron diferencias significativas entre los individuos a los 60 y los 180 días de edad en la diversidad observada (p<0,05), pero no se observó ninguna diferencia significativa entre edades en el índice de Shannon. Otros artículos también han encontrado incrementos significativos en la α diversidad debidas a la edad (Lim et al., 2019; Niu et al., 2015). Sin embargo, en dichos estudios también hubo diferencias en aquellos índices que medían la homogeneidad. Por ello, para comprender los resultados obtenidos en nuestros estudio, son necesarias más investigaciones con un mayor número de animales. Por otro lado, la diversidad beta refleja las diferencias que hay en la composición microbiana entre muestras. En este caso, la diversidad beta fue analizada mediante los índices de Jaccard (referido a la abundancia) y de Bray-Curtis (referido a la presencia/ ausencia). Al igual que en el caso de la α diversidad, el efecto de la edad fue el más relevante, con un efecto significativo (p< 0,001) de la misma en ambos índices (figura 2). De nuevo, el tratamiento materno no tuvo ninguna influencia en los resultados obtenidos. Para el análisis de abundancia diferencial, debido al gran efecto de la edad sobre los resultados, se analizaron por separado los animales de 60 y de 180 días. Este se realizó tanto a nivel de especie como de género (figura 3 y 4). Figura 1. Índices de diversidad α en lechones en función de la edad y del tratamiento materno. Observed: Diversidad observada; C60: lechones nacidos de madres controles de 60 días de edad; C180: lechones nacidos de madres controles de 180 días de edad; T60: lechones nacidos de madres suplementadas con aceite de linaza e hidroxitirosol de 60 días de edad; T180: lechones nacidos de madres suplementadas con aceite de linaza e hidroxitirosol de 180 días de edad.
RkJQdWJsaXNoZXIy Njg1MjYx