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La genómica se impone en la mejora del ovino español

Redacción oviespana.com02/09/2013
LA GENÓMICA SE IMPONE EN LA MEJORA DEL OVINO ESPAÑOL

Los genetistas que dirigen los principales programas de ovino en España creen que en poco tiempo será su herramienta de trabajo fundamental.

Las asociaciones españolas de ovino lechero están evaluando la posibilidad de innovar la valoración genética tradicional de sus animales, incorporando el conocimiento actual de los genomas. La selección genómica se abre paso a toda velocidad como una nueva herramienta que está llamada a revolucionar la mejora genética de las razas de ovino en un plazo corto de tiempo. Por esa razón, los técnicos encargados de la mejora genética de las cinco razas más importantes de ovino lechero en España (Assaf, Churra, Lacaune, Latxa y Manchega) se reunieron informalmente en Zaragoza a mediados del mes de mayo con motivo de las XV Jornadas de Producción Animal de AIDA. El propósito de esta reunión fue intercambiar opiniones acerca de la posibilidad de realizar valoraciones genómicas en estas razas, teniendo en cuenta las limitaciones de medios económicos con que se cuenta actualmente.

El máximo inconveniente con el que se están encontrando las asociaciones en la actualidad es el elevado coste que tiene aplicar el proceso de la genómica al esquema de selección de una raza de ovino de leche. Esta herramienta obliga a identificar una ‘población de referencia’ de unos 2.000 a 4.000 animales por raza, lo que multiplica los costes. Actualmente los chips de 50 Kb, los más habituales en el mercado, tienen un precio de unos 78 euros, a lo que hay que añadir un coste adicional de 15 euros de secuenciación en el laboratorio.

En la actualidad, las razas de ovino españolas pueden trabajar dentro del territorio nacional con el Laboratorio de Algete (Madrid), dependiente del Ministerio de Agricultura, la empresa gallega Xenética Fontao, CIC-Biogune (Vizcaya) y la Universidad Autónoma de Barcelona, que cuentan con los medios técnicos necesarios para realizar los análisis genómicos. En las pruebas preliminares realizadas por las razas, también se ha trabajado en algunos casos con laboratorios de fuera de España. Respecto al software necesario para poner en marcha la genómica, no supone un gasto extra, pues existen programas cedidos gratuitamente por investigadores y la metodología ya está ampliamente implantada en algunos otros sectores como el vacuno de leche. Sin embargo, este software no es amigable y requiere conocimientos profundos en el ámbito de la mejora genética para su correcta aplicación.

Este alto coste, que hasta la fecha ha hecho inasumible poner en marcha el desarrollo de la genómica, tiene varias soluciones y desde las propias asociaciones se confía en que el próximo año se pueda empezar a utilizar esta herramienta como pieza clave en los programas de mejora. En la reunión de Zaragoza se valoró como posibilidad el uso inicialmente de chips más baratos, con una capacidad únicamente de 6 Kb, que aunque son menos informativos pueden tener interés en el contexto de las actuales técnicas de imputación de genotipos. Otra opción es esperar algún tiempo, hasta que la propia evolución de la tecnología y la entrada de competencia en el sector hagan que el coste del chip se abarate sensiblemente. De hecho, se espera que en un par de años el precio sea bastante más asumible y, por lo tanto, la genómica pueda convertirse en un hecho.

Respecto a la posibilidad de acceder a ayudas por parte de organismos públicos, en la reunión de Zaragoza se habló de la inminente convocatoria de un Plan de Fomento de la Innovación en la producción ganadera. Parece ser que solo podrían presentarse entidades con ánimo de lucro y no parece que una asociación de ganaderos cumpla este requisito, aunque podrían crear una empresa conjunta para desarrollar la implantación de esta técnica. También podrían hacerlo cooperativas que alcancen el tamaño marcado por la convocatoria en cuanto al número de animales registrados. Un inconveniente añadido es que las cooperativas o grupos que quieran acogerse a estas ayudas deberían financiar un porcentaje alto de los costes (que puede rondar el 50%). No se sabe además si en este coste se incluirían los gastos que ya se llevan a cabo para diversas actividades (control lechero, inseminaciones, etc.). El objetivo es estar atentos a la salida de la convocatoria y verificar todos estos aspectos para decidir cual puede ser la mejor manera de encauzar el proyecto.

Una vez salida la convocatoria se cuenta con un mes para presentar la solicitud. Se acordó sondear entre las diversas asociaciones para ver si cuentan con alguna cooperativa dispuesta a participar en el proyecto, teniendo en cuenta los requisitos establecidos. Además, se planteó la posibilidad de acudir de forma conjunta con todas las razas implicadas a la convocatoria del Plan de Fomento, con el objeto de incrementar la posibilidad de conseguir la financiación requerida. También se habló de buscar otras convocatorias de proyectos.

LA GENÓMICA EN OVINO

La genómica es el conjunto de ciencias y técnicas dedicadas al estudio integral del funcionamiento, el contenido, la evolución y el origen de los genomas. Las ciencias genómicas han tenido un importante auge en los últimos años, sobre todo gracias al avance en las técnicas de secuenciación del ADN que permiten incluso el análisis de genomas completos.

La evaluación genómica se implanta por primera vez en el ganado vacuno de leche, con la raza Holstein (Frisona en España). En el caso del ovino, la experiencia más fructífera se ha realizado con la raza Lacaune en Francia, que están valorando muy seriamente utilizar el valor genómico como su punto fundamental en el esquema de selección. Sin embargo, con el desarrollo actual de la selección genómica, los estudios realizados en Francia en ovino lechero únicamente muestran un incremento en la precisión media de un 10% para animales de los que ya se dispone una valoración genética BLUP.

A grandes rasgos y en términos coloquiales, la valoración genómica consiste en estimar el efecto que tienen multitud de marcadores de tipo SNP (Polimorfismo de Nucleótido simple: posiciones de un solo nucleótido que pueden ser diferentes en el ADN de los animales) a partir de animales genotipados que se encuentran en control de rendimientos, y poder así aproximar el valor genético de otros animales de los que sólo se tiene su muestra de ADN. Con los chips de 50 Kb, se llegan a calcular 54.000 posiciones de los denominados SNP, aunque ya están saliendo al mercado chips de 800 Kb que aumentan su fiabilidad y llegan a genotipar hasta 800.000 SNPs, con lo que el análisis genómico es mucho más complejo. Este ‘tipado’ de los animales para descubrir sus marcadores genómicos se realiza mediante un sangrado y utilizando el chip y la tecnología de los laboratorios que está en el mercado. Actualmente, el coste total está cerca de los 100 euros, aunque lo más probable es que en los próximos años se produzca un significativo descenso que pueda facilitar la expansión de la técnica.

Utilizando los datos de la ‘población de referencia’ que permanecen en control lechero, se estiman los efectos de todos los marcadores sobre caracteres relacionados con la producción láctea o con otros caracteres morfológicos o de longevidad que se quieran potenciar. Una vez estimados los efectos de todos los marcadores en cada raza, ya se obtiene una ‘guía’ con la que se puede aproximar, después de realizarle el genotipado, si un animal tiene esos marcadores, lo que redundará en un aumento de la producción láctea de su descendencia o en otros caracteres genéticos.

La gran ventaja de la genómica es que acorta sensiblemente el intervalo entre generaciones para transmitir la mejora genética. Si con el método BLUP hay que esperar prácticamente cuatro años para comprobar que un semental transmite valores genéticos positivos a su descendencia, con la genómica se puede analizar a un cordero con seis meses de edad y estimar su valor antes de que entre en su etapa reproductiva. En el caso del vacuno, esos plazos se acortan aún más, ya que se eliminan hasta siete años en el tiempo de espera para conocer el valor genético de un toro. En cambio, esta precocidad en la selección de los reproductores se hará a costa de una menor precisión en la aproximación de su valor genético.

Otro de los inconvenientes de esta técnica en ovino es que los marcadores genéticos son absolutamente diferentes en cada una de las razas de producción. Los efectos estimados de cada uno de los marcadores no suelen ser debidos al hecho de que el marcador forme parte de los genes responsables del rendimiento, sino que suelen estar asociados a los mismos por proximidad en el genoma. Por ello, los efectos estimados para los marcadores son sólo válidos para individuos estrechamente relacionados con los animales muestreados en la ‘población de referencia’, siendo tanto peor cuanto más alejado sea el parentesco. Así, los resultados de unas razas no pueden aplicarse en otras, por lo que cada asociación necesita contar con su propia ‘población de referencia’ de más de 2.000 animales, lo que multiplica los costes. Aquí se encuentra otra de las grandes diferencias con el vacuno de leche, ya que la raza internacional Holstein o Frisona está extendida de forma uniforme por el mundo y los análisis genómicos pueden aplicarse a todos los animales de esa raza. Además, y dado que las asociaciones entre marcadores y genes responsables del rendimiento se van rompiendo a través de las generaciones, será preciso actualizar el efecto de los marcadores definiendo una nueva ‘población de referencia’ aproximadamente cada dos generaciones.

El uso de la genómica no implica por tanto la desaparición del Control Lechero Oficial (CLO), ya que es necesario contar periódicamente con esas ‘población de referencia’ que permita descubrir los marcadores asociados en cada raza con la producción láctea. Sin embargo, sí que se podría reducir sensiblemente el número de animales que estén en CLO, ya que no sería necesario controlar a todo el censo de una raza. En cualquier caso, aunque la era genómica se presenta como un reto prometedor, en la actualidad es preciso todavía aumentar el conocimiento sobre esta metodología en la práctica. Su aplicación como herramienta complementaria a la valoración genética actual traerá con toda seguridad una mayor eficiencia de la respuesta a la selección, pero su aplicación como alternativa a los métodos actuales, está todavía en estudio.

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