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El Biobanco Vasco lidera un proyecto europeo de tecnologías de la información

08/04/2013

8 de abril de 2013

El Biobanco Vasco para la Investigación lidera el proyecto Biopool, financiado por la Comisión Europea, en el que participan entidades de varios países europeos, entre los que se encuentran Francia, Reino Unido y los Países Bajos. Su objetivo es desarrollar un buscador informático de muestras biológicas en una red de biobancos a partir de la imagen histológica y los datos clínicos asociados, con el fin último de crear una red de biobancos europeos. Esto significa facilitar a los investigadores un acceso más rápido a muchas más muestras biológicas, lo que pretende acelerar descubrimientos y avances que mejoren la calidad de vida de la población.
Biopool representa el primer proyecto europeo del séptimo programa marco liderado por la sanidad vasca y está enmarcado en la apuesta de la Unión Europea de explotación de grandes bases de datos. El proyecto cuenta con 2,5 millones de euros de presupuesto y es cofinanciado por el séptimo programa marco de la Unión Europea. Además, cuenta con financiación de la Diputación Foral de Bizkaia y del Gobierno Vasco.
Los biobancos son las entidades que almacenan y suministran muestras biológicas, como por ejemplo, tejidos tumorales. Para realizar sus proyectos, los investigadores necesitan muestras de características específicas y, en ocasiones, en gran número. Para conseguir la totalidad de las mismas deben contactar con varios biobancos, especialmente en el caso de las enfermedades raras. Actualmente, no existe un mecanismo que facilite esta búsqueda.
El proyecto Biopool permitirá que un investigador pueda buscar en cualquier biobanco del mundo las muestras biológicas que necesita para investigar, independientemente del lugar, idioma, etc., en base a la imagen histológica que el tumor tiene, aprovechando las tecnologías de la información y comunicación existentes. Estas imágenes se generan cuando se hace el diagnóstico del tumor y posteriormente se digitalizan. Tal y como ha explicado Roberto Bilbao, director científico del Biobanco Vasco para la Investigación, “es una tecnología semejante a Google Imágenes, en la que incorporas una foto de un edificio al buscador, y el sistema te dice dónde está, pero aplicado a imágenes histológicas de tumores e investigación biomédica. De hecho, vamos a establecer una red inteligente internacional de biobancos, lo que demuestra el potencial de los datos clínicos e histológicos para la investigación médica”.
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Roberto Bilbao, director científico del Biobanco Vasco para la Investigación.
Asimismo, este sistema será una herramienta útil en el ámbito universitario, mejorando los recursos didácticos de los profesores y estudiantes para la enseñanza y aprendizaje. En definitiva, ha indicado Bilbao, “queremos aplicar lo mejor de la más moderna tecnología a sistemas que faciliten y hagan más eficiente la investigación en red entre países europeos, aprovechando el liderazgo del Biobanco Vasco”.
En la iniciativa participan diversas empresas y centros tecnológicos entre los que figuran Tecnalia Research & Innovation, eMedica y Cultek, junto con otros socios internacionales que son Pertimm SAS (Francia), la Universidad de Brunel (Reino Unido), y el Biobanco Erasmus EMC (Países Bajos).
De este modo, el proyecto Biopool se constituye como “una iniciativa única para construir una gran colección de imágenes de tejidos humanos y los datos asociados, en red, y para desarrollar un conjunto de funcionalidades avanzadas para la gestión y explotación de estas imágenes”. Según ha señalado Roberto Bilbao, “biobancos de otras comunidades autónomas y de otros países como Alemania, Francia o Australia nos han comunicado su interés en participar en la red”.
Según indica la investigadora Arantza Bereciartua, de Tecnalia, el proyecto Biopool afronta un gran número de desafíos, tanto técnicos como no técnicos, “ya que debe ser capaz de manejar imágenes digitalizadas de diferente formato y de gran tamaño, llegando incluso a 10-15 GB por imagen. También hay problemas de escalabilidad y diferentes protocolos de adquisición de diferentes tipos de tejidos. Finalmente, la comparación entre diferentes imágenes es muy compleja debido a las diferentes escalas y formatos de imágenes, y la variabilidad biológica de muestras”.