Genética Año Base molecular Datos generados Análisis de genes candidatos (CGs) 1998 Secuenciación de mRNA Entre 5 y 30 genes por ensayo Identi cación de Expressed sequence tags (ESTs) 2002 Secuenciación de mRNA e introducción en bases de datos Alrededor de 100,000 identi cados diferentes bases de datos cDNA-AFLP 2006 Hibridación de secuencias de RNA y posterior secuenciación Entre 5 y 30 genes por esnayo Microarray 2006 Hibridación de secuencias de RNA en chips con secuencias conocidas Entre 2,000 y 10,000 genes por ensayo (chip) Secuenciación masiva (RNA-Seq) 2010 Ultra-secuenciación de RNA Cientos de millones de lecturas por ensayo Búsqueda In silico de genes o Expressed sequence tags (ESTs) 2012 Búsqueda y análisis de secuencias de mRNA en bases de datos Miles o cientos de genes por ensayo Cuadro 1. Principales aproximaciones al análisis transcriptómico en frutales del género Prunus. mayoritariamente es RNA llamado no codificante. Este último RNA puede ser estructural como el de transfe- rencia (tRNA) (5-10% del total) y el ribosómico (rRNA) ARNr que puede representar hasta un 85% del RNA total. A su vez podemos hablar dentro del RNA no codificante del RNA regulador (3-5% del total) que incluye siRNA (pequeño de interferencia) (20 nt), micro RNA (miRNA) (20-25 nt), snoRNA (de 60 a 300 nt) y otras clases de RNA como el small nuclear (snRNA), Piwi-interacting RNA (piRNA) o scRNA (Atkins et al., 2011; Watson, 2014) (Figura 2). El transcriptoma pre- senta una mayor diversidad que el genoma del que se origina ya que a partir de una misma región de DNA se pueden generar varias molecular de RNA y este RNA puede ser nuevamente procesado para volver a aumentar su diversidad. El nudo gordiano del proceso de transcripción y expresión del DNA en un fenotipo concreto consiste en la traducción del mRNA maduro a la proteína; junto con la presencia de RNA no codificante y no regulatorio como el rRNA y tRNA; y la regulación post-transcripcional y post-trasduccional (epigenética) de este mRNA por parte de pequeños RNA no codi- ficantes pero sí reguladores (miRNA, siRNA, piRNA, snRNA o snoARN) (Figura 2) (Martínez-Gómez et al., 2012). Las proteínas y el RNA forman una serie de redes que afectan a la expresión del DNA. Es esen- cial la comprensión del transcriptoma como molde para las proteínas y como elemento regulador para comprender los procesos de respuesta de la célula. Los estudios iniciales en el transcriptoma de Prunus se orientaron al desarrollo y alineamiento de ESTs (Expressed sequence tags) y al análisis de los genes candidatos. El estudio de los ESTs en Prunus se inció en melocotonero, albaricoquero y almendro. Actualmente la base de datos del genoma Rosaceae (GDR) contiene más de 100.000 ESTs de distintas especies de Prunus (principalmente melocotonero). Otra aproximación posterior fue la de la hibridación de mRNAs mediante las técnica de cDNA-AFLP. Posteriormente se han desarrollado técnicas de aná- lisis masivo de genes. La primera de las cuales fue el desarrollo del microarray, chips con unos miles de secuencias conocidas. Durante los últimos años, sin embargo, las llamadas metodologías de alto rendi- miento ('high-throughput') para la secuenciación del DNA (DNA-Seq, en 2005) y cDNA proveniente del RNA (RNA-Seq, en 2008), están causando una revolu- ción en la investigación biológica. Además, la tercera generación de estos ultra secuenciadores pretende ser capaz de determinar la composición de bases de ADN de una sola célula. En estos momentos disponemos de información precisa sobre la constitución de DNA o RNA de una planta sin necesidad de un clonaje previo. Las nuevas tecnología de secuenciación están generando una enorme cantidad de datos cuyo manejo y almacena- miento son posibles mediante un desarrollo similar de los medios informáticos (Martínez-Gómez et al. 2011). Posteriormente los trabajos de análisis masivo han continuado mediante la denominada búsqueda in silico utilizando avanzadas herramientas bioinfor- máticas para analizar los datos de las bases de datos existentes. También se dispone de bases de datos con análisis de expresión cuantitativa de colecciones de ESTs de diferentes tejidos, genotipos y estados de desarrollo clasificados de acuerdo con el programa Gene Ontology (GO) (Cuadro 1). En estos momentos podríamos pues hablar de una nueva 'era' en los estudios sobre la genética de los frutales del género Prunus (albaricoquero, almen- dro, melocotonero, ciruelo, etc.) y su aplicación en el desarrollo de nuevas variedades dentro de los dis- tintos Programas de Mejora Genética. En este nuevo 17